Surveillance du SRAS-CoV-2 pour toutes les espèces de mammifères
*Avis important: bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
Dans une récente étude publiée sur bioRxiv* serveur de prétirage, des chercheurs belges ont mené une surveillance du syndrome respiratoire aigu sévère coronavirus 2 (SRAS-CoV-2) parmi toutes les espèces de mammifères trouvées dans deux zoos du pays afin de déterminer la gamme potentielle d'hôtes du SRAS-CoV-2 et d'évaluer le risque de conservation en captivité ou sur site d'animaux sauvages.
Étude: Surveillance SARS-CoV-2 entre 2020 et 2021 de toutes les espèces de mammifères dans deux zoos flamands (zoo d'Anvers et zoo de Planckendael). Crédit d'image : ArtMediaFactory / Shutterstock.com
Arrière-plan
Des recherches approfondies sous la forme d'études expérimentales et observationnelles ont rapporté que le SRAS-CoV-2 peut infecter un large éventail de mammifères autres que les humains, y compris les macaques, les furets, les chats domestiques, les souris sylvestres d'Amérique du Nord, les visons d'Amérique, les chauves-souris frugivores égyptiennes, les ratons laveurs chiens, cerfs de Virginie et hamsters syriens.
Les études qui ont comparé les orthologues du récepteur de l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE-2) ont également révélé que diverses espèces pourraient être sensibles au SRAS-CoV-2. Cependant, les similitudes dans le récepteur ACE-2 seul ne sont pas de bons indicateurs de sensibilité.
Il y a eu 64 événements où des infections par le SRAS-CoV-2 ont été signalées chez 17 espèces d'animaux de zoo, les félins étant le groupe le plus couramment infecté. Cependant, ces rapports ont été basés sur des signes ou symptômes externes tels que des écoulements nasaux et de la toux, des changements de comportement ou des décès dus à la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19).
Les zoos présentent une opportunité idéale pour effectuer une surveillance du COVID-19 sur un grand nombre d'espèces de diverses régions géographiques.
À propos de l'étude
La présente étude a été menée dans les zoos de Planckendael et d'Anvers à Malines et à Anvers, respectivement. Des échantillons ont été prélevés début septembre, mi-octobre et mi-décembre 2020 et juillet 2021.
Les périodes d'échantillonnage de 2020 ont eu lieu pendant la dominance de la souche ancestrale Wuhan-Hu-1, tandis que l'échantillonnage de juillet 2021 a été effectué pendant la dominance de la variante Delta, qui était plus contagieuse que les autres variantes du SRAS-CoV-2 à l'époque.
Les gardiens de zoo ont collecté des échantillons fécaux de 103 espèces de mammifères, avec respectivement 48 et 67 échantillons prélevés dans les zoos d'Anvers et de Planckendael. Des échantillons de sang provenant de contrôles vétérinaires de routine étaient également disponibles pour certains animaux couvrant des périodes avant et après 2020.
Dans le zoo d'Anvers, les primates constituaient le groupe le plus important, suivis des carnivores, tandis que dans le zoo de Planckendael, le groupe le plus couramment échantillonné comprenait des ongulés et des cétacés à doigts égaux.
Suite à la collecte d'échantillons de juillet 2021, deux hippopotames du zoo d'Anvers ont présenté des symptômes d'infection par le SRAS-CoV-2, qui ont ensuite été confirmés par immunochimie et test de réaction en chaîne par polymérase (PCR) sur des écouvillons nasaux.
Par conséquent, une surveillance ciblée a été menée en décembre 2021 parmi les animaux susceptibles d'avoir rencontré les hippopotames infectés et jugés sensibles ou présentant un intérêt en raison de leur état de conservation. Ceux-ci comprenaient de grands félins et des primates.
L'extraction et l'ACP d'acide ribonucléique ont été conduits pour dépister les échantillons pour SARS-CoV-2. Des tests ont également été effectués pour valider l'utilisation du système de PCR en temps réel Pan-Coronavirus (Pan-CoV) pour détecter le SARS-CoV-2. De plus, des tests de neutralisation du virus de substitution ont été utilisés pour tester des échantillons de sérum pour les anticorps anti-SARS-CoV-2.
Résultats
Sur les 1 523 échantillons fécaux prélevés sur 103 espèces de mammifères, aucun n'a été testé positif pour le SRAS-CoV-2 lors du dépistage Pan-CoV. De plus, tous les échantillons de sérum étaient séronégatifs, indiquant ainsi que ces mammifères n'avaient pas contracté le SRAS-CoV-2 au moment du dépistage. Hormis les deux hippopotames présentant des infections symptomatiques au SARS-CoV-2, aucune preuve d'infections au SARS-CoV-2 n'a été observée dans les zoos de Planckendael et d'Anvers.
Bien que des études aient rapporté que le SRAS-CoV-2 pourrait rester stable dans les matières fécales jusqu'à quatre jours en fonction de certains facteurs comme le pH, les auteurs pensent que les délais entre l'excrétion fécale et la collecte pourraient avoir influencé la qualité de l'échantillon.
De plus, des études ont indiqué que l'ARN du SRAS-CoV-2 peut être détecté dans des échantillons fécaux jusqu'à 21,8 jours après l'infection. Les séances d'échantillonnage de la présente étude étant en moyenne espacées de six semaines, les auteurs admettent que certaines infections par le SRAS-CoV-2 auraient pu passer inaperçues.
La séronégativité des échantillons de sang disponibles a indiqué que des infections généralisées par le SRAS-CoV-2 ne s'étaient pas produites dans toutes les espèces ; cependant, une collecte systématique d'échantillons de sang aurait pu fournir des informations sur les infections antérieures au SRAS-CoV-2 chez ces espèces.
Des études antérieures ont identifié les gardiens de zoo asymptomatiques infectés par le SRAS-CoV-2 comme source d'infection parmi les animaux d'autres zoos. Dans ces deux zoos en Belgique, les visiteurs et les soigneurs portaient des masques faciaux lorsqu'ils interagissaient avec les animaux, ce qui pourrait expliquer l'absence d'infection par le SRAS-CoV-2 parmi les animaux pendant la période d'étude.
conclusion
Au cours des périodes de surveillance entre 2020 et 2021, aucune espèce de mammifère dans les zoos de Planckendael et d'Anvers n'a été testée positive pour le SRAS-CoV-2, à l'exception des deux hippopotames qui avaient des infections symptomatiques au SRAS-CoV-2. Les auteurs pensent que puisque les hippopotames étaient hébergés dans une zone où les visiteurs entraient dans le zoo, ils avaient un risque accru d'infection.
Dans l'ensemble, les résultats de l'étude indiquent que l'analyse du récepteur ACE-2 seul n'est pas suffisante pour déterminer la sensibilité des espèces de mammifères.
*Avis important: bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
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